Se dice que los primeros pobladores de la isla fueron precisamente estas fuerzas armadas que ahuyentaron a los piratas. También muchos de los primeros habitantes de la villa fueron familias que venían huyendo de la Guerra de Castas en Yucatán. Debido al gran comercio marítimo que existía a finales del siglo XIX y principios del siglo XX, donde barcos de gran calaje llegaban a la Laguna de Términos, al Puerto Escondido, antiguo nombre de la Villa de Isla Aguada, barcos procedentes principalmente de España, Francia e Inglaterra que traían como lastre las famosas tejas marsellesas, tinajas de barro de gran tamaño llenas de aceitunas y vino, y que venían por chicle, maderas preciosas, tortugas marinas, fue necesario construir un faro de material no perecedero, ya que el que se encontraba en ese entonces, era una torre de madera.

La población de Isla Aguada y su zona de influencia pertenecen al Área de Protección de Flora y Fauna “Laguna de Términos”, este sistema lagunar estuario forma parte del complejo deltaico que constituye la descarga más importante de agua dulce y sedimentos terrígenos hacia el Golfo de México. Por lo cual son sitios idóneos para la alimentación y reproducción de especies marinas y de agua dulce, local y migratoria.
El sistema de humedales, al que pertenece Isla Aguada, forma la unidad ecológica costera más importante de Mesoamérica por su productividad natural y biodiversidad. En el área se presenta un mosaico de asociaciones vegetales acuáticas y terrestres, hábitats críticos para especies pesqueras de interés comercial y una importante zona de anidación para tortugas marinas y aves migratorias.
Existe una presencia importante de delfines “Nariz de botella” (Tursiops truncatus) alrededor de Isla Aguada, lo que hace un peculiar espectáculo su avistamiento.
La Isla de los pájaros, es un islote donde llegan muchas aves como patos, garzas, fragatas y gaviotas entre otras especies de aves marinas locales y migratorias. Es hábitat de la cigüeña Jabirú, el ave acuática más grande de América.
Se incorporó al programa Pueblos Mágicos en el año 2020.